TANJAK:
yang terdapat di puncak logo adalah melambangkan kedaulatan Raja-raja Melayu yang bermula dari Kesultanan Melayu.
KERIS:
di sisi tanjak melambagkan keberanian dan kegagahan pahlawan-pahlawan Malaysia.
BENTUK MELENGKUNG:
hampir bulatan bercantum dengannya dan sedikit berkedut melambangkan kain selimpang iaitu salah satu pakaian rasmi di istana.
BENTUK SEIRING:
dengannya di dalam adalah muka harimau, iaitu salah seekor haiwan tempatan yang banyak terdapat pada masa dahulu.
KAPAL LAYAR:
di puncaknya adalah kenderaan tempatan yang terpenting pada masa dahulu untuk berhubung dengan tempat-tempat lain.
SEBUAH BUKU:
yang terbuka di atasnya melambangkan gedung ilmu dan segala pengetahuan.
SCROL DAN MOUTAU BOAR:
kedua-duanya menandakan lulusan universiti. Belajar hingga ke peringkat universiti sepertinya adalah menjadi matlamat akhir setiap pelajar sekolah ini.
LIMA BULATAN :
di kaki bukit adalah melambangkan lima rumah pasukan sukan sekolah iaitu Ambar, Zamrud, Delima, Topaz dan Nilam. Dari padang munculnya juara-juara sukan yang akan mewakili sekoalh ke peringkat yang lebih tinggi lagi untuk mengharumkan imej dan nama sekolah.
DUA EKOR UDANG :
berenang di sis batu-bata melambangkan udang adalah antara hidupan air setempat yang banyak dan bernilai. Batu-bata pula melambangkan lubok, iaitu Lubok Batu di mana bersemadinya jasad seorang tokoh yang namanya Sekolah Menengah Kebangsaan Paduka Tuan dinamakan.
5 JENIS WARNA:
Warna merah melambangkan keberanian.
Warna hijau melambangkan kesuburan.
Warna biru melambangkan perpaduan.
Warna putih melambangkan keluhuran.
Warna kuning melambangkan kedaulatan.